卷二
1）“其中念念觉知之心。名观行佛此自分。二初观妙色即真法”应为“其中念念觉知之心。名观行佛。此自分二。初观妙色即真法”。
2）“二开眼下。明观成称性。周遍。妙心作相妙相发心”应为“二开眼下。明观成称性周遍。妙心作相。妙相发心”。
3）“以其应相凡心可见故理三身虽乃未显。不妨应色先与定合”应为“以其应相。凡心可见。故理三身。虽乃未显。不妨应色先与定合”。“应相”应指佛应身之相。
4）“念三身以结。示色是应身”应为“念三身以结示色是应身”。
5）“今从能证名为报身。自受用也实相是法身”应为“今从能证名为报身。自受用也。实相是法身”。
6）“今是所证及以能垂。但名实相前论观法文中”应为“今是所证及以能垂。但名实相。前论观法文中”。
7）“至今结示云念三身。应知法门及以实相。不离色身举一即三”应为“至今结示云。念三身。应知法门及以实相。不离色身。举一即三”。
8）“观行位人一切时处。念佛三观。常得现前。故云无不念时言念念皆觉者”应为“观行位人。一切时处念佛。三观常得现前。故云无不念时。言念念皆觉者……”。
9）“复由缘了与性一合。方能称性施设万端缘了是始性岂非本”，可能是“复由缘了与性一合。方能称性。施设万端。缘了是始。性岂非本”，亦可能是“复由缘了与性一合。方能称性施设万端。缘了是始。性岂非本”。前者可能性更大一些。
10）“答理虽全迷而具三因及五佛性。缘了二性岂非本有修因始觉果。及果果二种佛性。岂非理中究竟始觉”。此句有多种断法，我倾向于这样断“答。理虽全迷而具三因及五佛性。缘了二性岂非本有修因。始觉果及果果二种佛性。岂非理中究竟始觉”。始觉是因，本觉为果。缘了二因佛性即是修因始觉，亦是本有。
11）“自非山教圆位徒施今当相似位中四义”应是“自非山教。圆位徒施。今当相似位中四义”。
12）“应是合义合而不成。非妙觉也”应为“应是合义。合而不成。非妙觉也”。
13）“虽一点在上。不同点水之纵。三德亦尔虽法身本有。不同别教为惑所覆。虽二点在下，不同烈火之横。三德亦尔虽二德修成。不同别人理体具足而不相收（文毕）辄出其意。别教法身为惑覆者。良由不知本觉之性具染恶德是故染恶非二德也。故别惑通惑业识事识烦恼结业三乘六道。变易分段此等一切迷中二法。非二佛性既非佛性”，此文略繁，点断有偏。意不全明，大致应为“虽一点在上。不同点水之纵。三德亦尔。虽法身本有。不同别教为惑所覆。虽二点在下，不同烈火之横。三德亦尔。虽二德修成。不同别人。理体具足而不相收。（文毕）辄出其意。别教法身为惑覆者。良由不知本觉之性具染恶德。是故染恶非二德也。故别惑通惑。业识事识。烦恼结业。三乘六道。变易分段。此等一切迷中二法。非二佛性。既非佛性……”。
14）“为恶人逼令作众恶。故说善人为恶所覆应须还用随染觉性”应为“为恶人逼。令作众恶。故说善人为恶所覆。应须还用随染觉性”。
15）“或初缘次了。或初了次缘次第翻破一切迷法”应为“或初缘次了。或初了次缘。次第翻破一切迷法”。
16）“以知本觉具染恶性。体染恶修即二佛性故通别惑事业识等一切迷法”应为“以知本觉具染恶性。体染恶修即二佛性。故通别惑事业识等一切迷法”。
17）“虽分修性皆本具故。义不成纵言别人理体具足而不相收者”应为“虽分修性皆本具故。义不成纵。言别人理体具足而不相收者……”。
18）“今初住位所发三法。皆性具故发则俱发。故云不前不后以此三法。二为能显一是所显。修性宛尔。故云亦不一时不一时故非横。不前后故非纵不纵不横不思议发”应为“今初住位所发三法。皆性具故。发则俱发。故云不前不后。以此三法。二为能显。一是所显。修性宛尔。故云亦不一时。不一时故。非横。不前后故。非纵。不纵不横。不思议发”。
19）“二以普下。约被物明佛用二初总示三轮”应为“二以普下。约被物明佛用二。初总示三轮”。
20）“佛相至高尚能迹示以佛况九。现之不难”应为“佛相至高。尚能迹示。以佛况九。现之不难”。
21）“况二三住。况第十住行。向登地至于等觉”应为“况二三住。况第十住。行向登地。至于等觉”。行是十行，向是十向，地是十地。
22）“南岳用对圆顿教中四十二位。初住阿字中四十字对至等觉”应为“初住阿字。中四十字对至等觉……”
23）“若言八万法藏。即苦谛八万尘劳。即集谛”应为“若言八万法藏。即苦谛。八万尘劳。即集谛”。
24）“即通四教。即是生灭八万无生八万”应为“即通四教。即是生灭八万。无生八万……”。
25）“四中一门机生熟故。四悉被之为未种者。作世界说。令其乐欲赞用受行。为已种者用中二悉”应为“四中一门。机生熟故。四悉被之。为未种者。作世界说。令其乐欲赞用受行。为已种者。用中二悉……”。中二悉指为人悉檀与对治悉檀。
26）“为已熟者。第一义说令得契真革凡成圣”应为“为已熟者。第一义说。令得契真。革凡成圣”。
27）“三释观字即所说也。上十二部八万等法。岂非所说。然是泛举显于能说。下无量寿及今观字。的是此经所说义也释观分二”应为“三释观字。即所说也。上十二部八万等法。岂非所说。然是泛举。显于能说。下无量寿及今观字。的是此经所说义也。释观分二……”。
28）“乃用观法观于胜境若非观法将何观之”应为“乃用观法。观于胜境。若非观法。将何观之”。
29）“故知今立三观释观。乃是经文十六观体若就十六。各各示于三观相者”应为“故知今立三观释观。乃是经文十六观体。若就十六各各示于三观相者”。
30）“假是等者见思取境无而谓有”应为“假是等者。见思取境。无而谓有”。
31）“若修假观能成佛法。能益众生观空欲作入中方便”应为“若修假观。能成佛法。能益众生。观空欲作。入中方便”。
32）“心既著有须别缘空破兹爱见。所观之空是二乘法。既非性具，乃是别修空非毕竟。是故空观但空生死。次观空涅槃者。生死之有虽已破除。心又著空。须别缘假破此空著”应为“心既著有。须别缘空。破兹爱见。所观之空是二乘法。既非性具，乃是别修。空非毕竟。是故空观但空生死。次观空涅槃者。生死之有虽已破除。心又著空。须别缘假。破此空著”。
33）“克性圆论三智实在一心中得。三智是果。三观是因。果在一心因岂前后”应为“克性圆论。三智实在一心中得。三智是果。三观是因。果在一心。因岂前后”。
34）“又须了知妙谛妙观。悉是能观因缘所生阴等诸境。皆是所观”应为“又须了知妙谛妙观。悉是能观。因缘所生阴等诸境。皆是所观”。
35）“便不得言阴及无明。何者本说因缘及所生法”应为“便不得言阴及无明。何者。本说因缘。及所生法”。
36）“良由此人不知所以解迷是妙。方曰圆人”应为“良由此人不知所以。解迷是妙。方曰圆人”。
37）“等觉之位若不破迷宁登妙觉”应为“等觉之位若不破迷。宁登妙觉”。
38）“盖示所观融即用显能观绝妙须是性中三德。体是诸佛三身”应为“盖示所观融即。用显能观绝妙。须是性中三德。体是诸佛三身”。
39）“若不然者则观外有佛。境不即心”应为“若不然者。则观外有佛。境不即心”。
40）“是故真佛究竟一切净秽法门。若一向无何异小乘所诠真理”应为“是故真佛究竟。一切净秽法门。若一向无。何异小乘所诠真理”。
41）“既其非阴亦非入界故非三科任持摄属”应为“既其非阴。亦非入界。故非三科任持摄属”。五阴十二入（处）十八界，是为三科。
42）“亦可色质简应心智简报。三科简因”应为亦可色质简应。心智简报。三科简因”。
43）“二法性下。寿连持之寿。亲依命根。今法性寿非识息暖报得命根”应为“二法性下。寿。连持之寿。亲依命根。今法性寿。非识息暖报得命根”。
44）“三此寿下量。寿之分量合论长短及以延促”应为“三此寿下。量寿之分量。合论长短及以延促”。
45）“若别简者长是报佛。短是众生。能延能促即是应身。非此等量为成观故。强指法寿同虚空量二此即下”应为“若别简者。长是报佛。短是众生。能延能促即是应身。非此等量。为成观故。强指法寿同虚空量。二此即下……”。
46）“法华证智德经云。慧光照无量久修业所得。大般涅槃证断德也”应为“法华证智德。经云。慧光照无量。久修业所得。大般涅槃证断德也”。慧光久修二句，乃法华经文。
47）“二如如下释相感报之时”应为“二如如下。释相感报之时”。
48）“非不身者非报佛无分齐身”应为“非不身者。非报佛无分齐身”。
49）“中道法身乃本觉体始觉冥此能冥亦忘”应为“中道法身乃本觉体。始觉冥此。能冥亦忘”。
50）“同前身也三法量下。明量。非应有量非报无量。及非二边义同身寿”应为“同前身也。三法量下。明量。非应有量。非报无量。及非二边。义同身寿”。
51）“二应同下寿。身既同物寿岂差机三应同下量。随宜长短示量无量”应为“二应同下。寿。身既同物。寿岂差机。三应同下。量。随宜长短。示量无量”。
52）“报智功德契会法身随有机处应无不往。三能为下明应遍三土二”应为“报智功德契会法身。随有机处。应无不往。三能为下。明应遍三土二”。
53）“初义者上所说报。但论冥法。即自受用也。今明垂应以他受用常住之应。对于生身无常之应”应为“初义者。上所说报。但论冥法。即自受用也。今明垂应。以他受用常住之应。对于生身无常之应”。
54）“佛说非身是名大身。大身者乃他受用身也。无分齐身其寿则常。故无量也。有分齐身寿。则无常。故有量也。此二应用乃依真中二理而住”应为“佛说非身。是名大身。大身者。乃他受用身也。无分齐身。其寿则常。故无量也。有分齐身。寿则无常。故有量也。此二应用。乃依真中二理而住”。
55）“所以者何盖实报机分证论见他受用身”应为“所以者何。盖实报机分证论见他受用身”。
56）“于庄严国问照明庄严自在王佛彼佛答云”应为“于庄严国问照明庄严自在王佛。彼佛答云”。
